ارسالها: 23330
#61
Posted: 28 May 2014 13:14
یوراسیل
اوراسیل یک باز نوکلئوتیدی و از مشتقات پیریمیدین است که در ساختار آران‌ای دیده می‌شود.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#62
Posted: 28 May 2014 13:18
پیرایش آران‌ای
در مولکول های حیاتی رنا پیرایش بسیار مهم می باشد . این فرآیند تنها در هوهسته‌ها دیده شده است و نقش بسیار مهمی را در آغاز ترجمه و پروتئین سازی ایفا می کند. در این فر آیند اگزون های لازم به یکدیگر متصل شده و اینترون ها از رنا جدا می گردند. ماشین پیرایش یک هم آرای کوچک از ریبونوکلئوپروتئین هاست(snRNPs) که سبب تبدیل رنای اولیه به رنای بالغ می شود.
پیرایش آران‌ای یکی از فرآیندهای ویرایش پسارونویسی می‌باشد.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ویرایش شده توسط: sepanta_7
ارسالها: 23330
#63
Posted: 28 May 2014 13:24
مراحل پیرایش
جایگاه های پیرایش
درون اینترون سه جایگاه وجود دارد . جایگاه پردازش۳́ که دارای توالی AG است؛ جایگاه پردازش۵́ که دارای توالی GU است و جایگاه برش که در بالادست جایگاه پردازش ۳́ قرار دارد و دارای توالی پشت سرهم پیریمیدین می باشد و در بالادست آن برش رخ می دهد.
دو روش برای عمل ماشین پیرایش وجود دارد که در هر یک نوع ریبونوکلئوپروتئین های به کار رفته متفاوت است . روش اول روشی است که در بیشتر مواقع کاربرد دارد و در ۹۹ در صد مواقع دیده می شود. در این روش ریبونوکلئوپروتئین های U۱ ، U۲ ، U۴ U۵ U۶ snRNPs وپروتئین های U۲AF و SF۱ نقش دارند.
ابتدا هم آرای اولیه توسط میانکنش U۱ با GU s در ۵́ جایگاه برش و میانکنش ASF/SF۲، U۲AF با ۳́ جایگاه برش وارد عمل شدن SF۱ ساخته می شود.
U۲ به جایگاه برش متصل شده و یک آدنوزین تری فسفات هیدرولیز می شود.
U۵/U۴/U۶ سه هم آرای U۵/U۴/U۶ وارد عمل می شود. U۵به ۵́ جایگاه برش و U۶ به U۲ متصل می شود.
U۱ رها می شود. U۵ تغییر جایگاه می دهد؛ و U۶با جایگاه ۵́ پیرایش میانکنش می دهد.
U۴رها می شود و U۶/U۲به هم متصل می شوند سپس ۵́جایگاه پیرایش با ریبونوکلئوتید Aمتصل می شود U۵ به ۳́ اگزون وصل می شود و ۵́بریده می شود. ۳́نیز بریده شده و باهیدرولیز یک آدنوزین تری فسفات دو اگزون به هم متصل می شوند.
روش دوم بسیار شبیه روش اول است. U۵ در هر دوروش مشترک می باشد . به جای U۱، U۲، U۴، و U۶به ترتیب U۱۱، U۱۲ U۴atac، و U۶atac به کار می روند و مراحل همانند قبل صورت می گیرد. روش سوم در حقیقت روشی است که در آن اگزون ها نه به صورت به ترتیب قرلر گیری بلکه به حالت جا به جا به یکدیگر متصل می شوند.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#64
Posted: 28 May 2014 13:29
خود پیرایش
خودپیرایندگی در اینترون ها دیده می شود.به طور کلی سه نوع پیرایش دیده می شود که در سه گروه ۱ و۲ و ۳ تقسیم می شوند. گروه ۱ و۲ بدون نیاز به پروتئین یا رنای خاص، خودشان عمل پیرایش را بر روی خود انجام می دهند.
در گروه یک دو واکنش ترانس استریفیکاسیون رخ می دهد.
- به جای توالی برش Aیک GMP، GDP GTPدر محل برش وجود دارد که ۵́جایگاه برش به ۳́ آن حمله می کند.
- ۳'OH به صورت یک هسته دوست عمل کرده و دومین اتصال برقرار می شود.
در گروه دوم نیز به صورت زیر عمل می شود.
- در ابتدا ۲'OH آدنوزین موجود در اینترون به ۵́جایگاه برش حمله می کند
- ۳'OH اگزون به جایگاه پیرایش ۳' حمله کرده و دومین واکنش استریفیکاسیون رخ می دهد .
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ویرایش شده توسط: sepanta_7
ارسالها: 23330
#65
Posted: 28 May 2014 13:31
پیرایش رنای ناقل
واکنش های لازم برای پیرایش با درگیر کردن هم آراهای پیرایش و حتی با روش های خود پیرایش انجام می گیرند. ریبونوکلئاز ها سبب برش و لیگاز ها سبب اتصال اگزون ها می شوند.
تکامل
پیرایش در تمامی موجودات و به صورت های مختلف روی می دهد در هوهسته ها سبب تولید پروتئین های مختلف از ژن های یکسان می شود و روی رناهای تولیدکننده ی پروتئین و غیر تولیدکننده رخ خواهد داد اما در پیش هسته ای ها این عمل بیشتر روی رنای غیر رمز کننده روی می دهد. تفاوت دیگر این موجودات در این است که در پیش هسته ها هیچ هم آرای پیرایش کننده ای دیده نمی شود.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#66
Posted: 28 May 2014 13:34
برهم کنش های بیوشیمیایی
در پیرایش هایی که توسط هم آرای اسپلایسوزوم و همچنین به حالت خود پیراش انجام می گیرد دو واکنش اصلی روی می دهد. تران استریفیکاسیون واکنش بسیار مهمی است که در دو مرحله ی مجزا انجام می پذیرد. پیرایش های مربوط به رنای ناقل از این مسیر استفاده نمی کند. در مرحله ی اول ۲'OH یک نوکلئوتید خاص در اینترون و در محل برش به جایگاه برش ۵́ حمله می کند و در مرحله ی دوم ۳́OHاگزون به جایگاه برش ۳́ حمله کرده و دومین واکنش انجام می پذیرد.
پیرایش متناوب
برخی پیش رنا ها میتوانند با برداشت بعضی اینترون ها ترکیبات متفاوتی از از رنا را که می تواند پروتئین های مختلف تولید کند ایجاد می کننداین محصولات پروتئینی مختلف ایزوفرم نامیده می شوند.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#67
Posted: 28 May 2014 13:39
جلوگیری از پیرایش
- ایجاد جهش در جایگاه های پیرایش که سبب از بین رفتن یک اگزون یا داشتن یک اینترون اضافی می شود این امر می تواند در نتیجه ی ایجاد یک رمز پایان رخ دهد. همچنین می تواند سبب تغییر توالی سه نوکلئوتیدی شده و یا خذف ها و اضافه هایی را ایجاد کند.
- تغییر در مکان جایگاه های برش که می تواند سبب کوتاه یا بلند شدن یک رنا شوند.
نظارت بر پیرایش
سه مسیر برای درست انجام گیری پیرایش وجود دارد. ممانعت فضایی : اگر جایگاه های پیرایش درون یک اینترون بسیار به هم نزدیک باشند در این حالت ماشین پیرایش نمی تواند از آن ها استفاده کند. تخریب به واسطه ی بی معنا بودن : هرگاه وجود دو اگزون سبب تولید رنایی شودکه دارای رمزه ی خاتمه ی نابالغ است این رنا توسط این مسیر از بین می رود.
پیرایش پروتئین ها
علاوه بر رنا پروتئین ها نیز می توانند پیرایش شوند در این حالت به جای اگزون که در رنا باقی می ماند اگزتن و به جای اینترون، اینتن از توالی حذف می شود.
پایان پیرایش_آران‌ای
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#68
Posted: 28 May 2014 13:41
پیرایش پروتئین
پیرایش پروتئین فرآیندی است که طی آن بخش‌هایی از پروتئین‌ها به نام intein حذف شده و در مقابل قسمت‌هایی از آن با نام exteins از سر کربن انتهایی و نیتروژن انتهایی خود به یکدیگر متصل می‌شوند. دو اسید آمینه ی سیستئین و سرین در این فر آیند نقش مهمی را ایفا کرده و زنجیره‌ای از اسید آمینه‌های هسته‌دوست را در پروتئین ایجاد می‌کنند. پیرایش پروتئین‌ها نیازی به انرژی حاصل از آدنوزین تری فسفات یا گوانوزین تری فسفات و همچنین عامل‌های کمکی خارجی ندارد.
چهار دسته از این مولکول‌ها با نام‌های intein کوچک و intein بزرگ، ترانس پردازشی، و نوع مربوط به آلانین، وجود دارد. inteinدر پیرایش پروتئین‌های بزرگ دارای قلمروهای پیرایشی کربوکسیل انتهایی وآمینو انتهایی و همچنین یک قلمروی اندونوکلئازی هستند. inteinهای کوچک تنها دارای دو قلمروی کربوکسیل انتهایی وآمینو انتهایی می‌باشند. trans splicing inteins دارای انشعاب هستند وبه دوانتهای Cانتهایی و Nانتهایی تقسیم می‌شوند. نوع مربوط به آلانین نیز به جای سیستئین و سرین با آلانین وارد عمل می‌شود.
پیرایش پروتئین‌ها توسط دو گروه Anraku و Stevens در سال ۱۹۹۰ گزارش شد. هر دوی آنها در واکوئل ساکارومیسز، پروتئین VMA1 را کشف کردند؛ که در هم‌آرای ATPase H+ قرار داشت. توالی کربن و نیتروژن انتهایی این پروتئین با ۷۰در صد سایر موجودات شبیه‌است و ۳۰ در صد شباهت با HO نوکلئاز مخمر دارد.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#69
Posted: 28 May 2014 13:44
ترنسکریپتومیکس
ترانسکریپتوم (به انگلیسی: Transcriptome) مجموعه ای از مولکول های آران‌ای پیام‌رسان (mRNA) یا رونوشت هایی است که در یک سلول یا در جمعیتی از سلول‌ها بیان می شود. بر خلاف ژنوم که در تمامی سلول‌های یک موجود زنده ثابت است (به استثنای جهش یافته ها)، تحت شرایط مختلف الگوی بیان ژنها تغییر خواهد کرد. به بیان دیگر، ترانسکریپتوم هر سلول تحت تاثیر ژن هایی است که به طور فعال در زمانی خاص ابراز می شوند، بعلاوه، تخریب mRNA نیز آن را تحت تاثیر قرار می دهد. به طور مثال، تنها ۳ درصد توالی‌های ژنومی انسان قابل رونویسی هستند. در مغز حدود ۱۵۰۰۰ ژن بیان می‌شوند در حالی که در سلول اپتلیال روده کمتر از ۲۰۰۰ ژن رونویسی می‌گردند. از ۸۰۰۰ ژنی که در ریشه گیاه مدل آرابیداپسیس بیان می‌شوند، ۹۰ درصد آنها در ساقه نیز قابل بیان هستند.
به طور خلاصه، ترانسکریپتومیکس استفاده از منابع ژنومی به منظور مطالعات عملکردی برای شناسایی و مقایسه ژن‌های بیان شونده یک ژنوم تحت شرایط مختلف محیطی، رشدی، بافتی و تکوینی می‌باشد.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#70
Posted: 28 May 2014 13:47
RNA-Seq (توالی یابی RNA)
RNA-Seq (توالی یابی RNA) که به «توالی یابی شاتگانی کل ترانسکریپتوم(Whole Transcriptome Shotgun Sequencing)» نیز معروف است تکنولوژی ای است که با بهره‌گیری از توانایی‌های «توالی یابی نسل بعدی (next-generation sequencing)» برای بدست آوردن تصویری کلی از حضور و مقدار RNA از ژنوم در یک بازهٔ زمانی خاص استفاده می‌کند.
ترانسکریپتوم یک سلول به میزان زیادی متغیر است و در طول زمان تغییر می‌کند در صورتی که ژنوم سلول همواره ثابت و بدون تغییر باقی می‌ماند (بدون در نظر گرفتن جهش‌ها). پیشرفت‌های اخیر در توالی یابی نسل بعد باعث شده که بازهٔ پوشش توالی یابی توکلئوتید هایDNA و همچنین مقدار نمونهٔ ورودی برای توالی یابی افزایش پیدا کند. این پیشرفت‌ها توالی یابی رونوشت‌های RNA سلول را تسهیل می‌کند و به ما این امکان را می‌دهد که رونوشت‌های برش خورده (Spliced) ژن، تغییرات پس از رونویسی، همجوشی ژنها (gene fusion)، جهش‌ها و پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (single-nucleotide polymorphism) و در نهایت تغییرات در بیان ژن را بررسی کنیم.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
صفحه 7 از 16