ارسالها: 23330
#71
Posted: 28 May 2014 13:50
چندآدنینی‌شدن
آران‌ای‌ها پس از رونویسی، به کمک آنزیمهای دیگری فرآوری می‌شوند و سرانجام آران‌ایی را پدید می‌آورند که در ساخت پروتئین در فرآیند رمزخوانی به کار برده می‌شوند. در یوکاریوت‌ها یک دُم چندآدنینی (به انگلیسی: Poly(A) Tail) به پایانهٔ '۳ آران‌ای افزوده می‌شود که به این فرآیند چندآدنینی‌شدن می‌گویند.
افزوده شدن دم چندآدنینی به پایانهٔ '۳ یکی از فرآیندهای ویرایش پسارونویسی می‌باشد.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#72
Posted: 28 May 2014 13:55
حلقه بنیادی
یک مثال از حلقه بنیادی در آران ای
حلقه های بنیادی یا stem-loopالگویی است که می تواند در دی ان ای تک رشته ای و البته بیشتر در آر ان ای رخ دهد. این ساختار را به عنوان سنجاق سر (hairpin) یا حلقه سنجاق سری (hairpin-loop) نیز معرفی می شود. ساختار ذکرشده زمانی به وجود می آید که دو ناحیه از یک رشته، که معمولاً وقتی آنها را در دنباله نوکلئوتیدی از دو جهت مخالف می خوانیم مکمل یکدیگر هستند، به شکل یک فنر دوتایی جفت شوند به طوری که در انتهایشان یک حلقه جفت نشده دیده شود. این الگوها عموماً بخش کلیدی برای بسیاری از ساختار دوم آر ان ای هستند.
شکل یک حلقه بنیادی به استحکام آن بر اساس ناحیه مارپیچ و حلقه انتهایی آن وابسته است. اولین پیش نیاز برای این ساختار وجود دنباله ای است که بتواند روی خود تا بخورد و فرم یک مارپیچ دوتایی جفت شده را به وجود آورد. استحکام این مارپیچ به کمک طول آن، تعداد بازهای جفت نشده موجود(که تعداد کمی از آنها به خصوص در مارپیچ های بلند قابل قبول هستند.) و نوع بازهای موجود در ناحیه جفت شده مشخص می گردد. جفت گوانین و سیتوزین سه پیوند هیدروژنی ایجاد می کند و بسیار محکم تر از جفت آدنین و اوراسیل با دو پیونn هیدروژنی است. در اسید ریبونوکلئیک (RNA) جفت گوانین و اوراسیل با دو پیوند هیدروژنی نیز مرسوم و مطلوب است. اثر متقابل بازهای جفت شده، که اوربیتال پی را در جهت مطلوب همتراز می کنند، فرم مارپیچ ا به وجود می آورند.
استحکام حلقه انتهایی نیز در فرم حلقه بنیادی موثر است. "حلقه" با کمتر از چهار باز تشکیل نمی‌شود. حلقه های بزرگ که ساختار خاصی ندارند (مانند شبه گره ها) نیز پایدار نیستند. یک حلقه بهینه از ۴ الی ۸ باز تشکیل شده است. حلقه رایج با دنباله UUCG با نام حلقه تترا (tetraloop) شناخته می شود که با توجه به اثر متقابل بازهای موجود خود به طور خاص پایدار است.
حلقه های بنیادی در mRNA و به خصوص در tRNA، که شامل سه حلقه بنیادی و یک دنباله است و فرم برگ شبدری دارد، رخ می دهد. یک آنتی کدون که کدون ها (codon) را در طول فرایند ترجمه تشخیص می دهد در یکی از حلقه های جفت نشده tRNA وجود دارد. در شبه گره موجود در آر ان ای دو حلقه بنیادی وجود دارد که حلقه یکی از آنها بخشی از دیگری را تشکیل می دهد.
بسیاری از ریبوزوم ها از حلقه های بنیادی تشکیل شده اند. ریبوزوم سرچکشی (hammerhead ribozyme) نیز از سه حلقه بنیادی تشکیل شده است که در یک حلقه مرکزی جفت نشده به یکدیگر متصل می شوند.
ساختار حلقه بنیادی در mRNA در سایت اتصال ریبوزوم ( ribosome binding site) رخ می دهد و آغاز ترجمه (translation)را کنترل می کند.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#73
Posted: 28 May 2014 13:57
حلقه تترا
ساختار یک حلقه تترا در GRNA
حلقه های تترا یک نوع از حلقه موجود در حلقه های بنیادی مربو به ساختار دوم آر ان ای است که از چهار باز تشکیل شده است.. سه نوع از حلقه های تترا معمول ترند:GNRA ، UNCG و CUUG. حلقه GNRA یک جفت گوانین و آدنین دارد که گوانین در سر '5 و آدنین در سر '3 مارپیچ RNA قرار دارد.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#74
Posted: 28 May 2014 14:01
رونویسی رمزهای دنایی
از دنا تا پروتئين
تبدیل رمز ژنتیکی به رمزهای رنایی را رونویسی می‌نامند. این فر آیند به وسیلهٔ زی‌مایه ی رنا پلیمراز صورت می‌گیرد. این زی‌مایه در موجودات مختلف، متفاوت است. در پیش هسته‌ای ها فقط یک نوع و در هوهسته ها ۳ نوع از آن دیده می‌شود. همچنین از زیرواحدهایی ساخته شده که در موجوات مختلف شباهت‌هایی را نشان می‌دهد. رونویسی مرحلهٔ بسیار حیاتی در موجودات زنده‌است، که فر آیندهای تنظیمی بسیار مهمی آن را کنترل می‌کنند حذف هر یک از این مرحله‌ها می‌تواند سبب هدر رفت انرژی و ماده در داخل یاخته شود.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#75
Posted: 28 May 2014 14:04
رونویسی درپیش هسته‌ای‌ها
علاوه بر زیرواحدهای زی مایه، فاکتور سیگما هم نقش بسیار مهمی در این زمینه ایفا می‌کند، که با توجّه به ژن موردنظر نوع آن تغییر می‌کند. برای مثال سیگما۳۲ در پاسخ به شوک حرارتی و سیگما۵۴در پاسخ به سوخت و ساز نیتروژن نقش دارند.
فاکتور سیگما ۷۰ به چهار ناحیه تقسیم می‌شود که با اعداد۱ تا۴ نشان داده می‌شوند. ناحیهٔ ۲و ۴ به ترتیب به ناحیهٔ ۱۰- و ۳۵- وصل می‌شوند. درون ناحیهٔ ۴ موتیف عمومی ماپیچ _دور _ مارپیچ وجود دارد و در ناحیهٔ ۱۰- نیز مار پیچ آلفا دیده می‌شود. همچنین در این ناحیه اسیدآمینه‌های آروماتیک زیاد هستند.
رونویسی از مناطق خاصی به نام پیش برنده انجام می‌شود.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#76
Posted: 28 May 2014 14:09
انواع پیش برنده
- نوع اوّل: دارای ۲ جعبهٔ ۶ نوکلئوتیدی در ناحیهٔ ۳۵- و ۱۰- هستند و معمول‌ترین پیش‌برنده‌ها به حساب می‌آیند.
- نوع دوم: علاوه بر ۲ جعبهٔ قبل، ناحیهٔ توالی بالادست را نیز دارد؛ که در ایجاد بالا بردن قدرت رونویسی نقش دارد. زیرا میانکنش‌های اضافی بین زی مایه و دنا ایجاد می‌کند.
- نوع سوم: جعبهٔ ۳۵- را ندارد و در عوض در کنار ناحیهٔ ۱۰-، دارای ناحیهٔ گسترش‌یافته‌است. ژن مربوط به سوخت و ساز در اشریشیا کلای دارای این نوع پیش برنده‌است.
- نوع چهارم: علاوه بر دو جعبهٔ قبل، دارای ناحیهٔ متمایز کننده نیز می‌باشد؛ که میانکنش آن با پلی مراز پایداری هم آرای زی مایه و پیش برنده را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
به طور کل این فرایند شامل ۳ مرحلهٔ آغازش، ادامه وپایان است:
- آغازش: بازشدن دنا به اندازهٔ ۱۴ نوکلئوتید (از ۳- تا۱۴+)و تبدیل هم‌آرای بسته به باز
- ادامه: در مقابل هر نوکلئوتید دنا، ریبونوکلئوتیدهای رنا قرار می‌گیرد و این فرایند تا پایان ادامه می‌یابد.
- پایان: ۲ مسیر برای این مرحله وجود دارد:
- یک:مسیرمستقل از پروتئینRho: نیازی به فاکتور خاص نیست و ترادف قرینه‌ای که بر روی دنا وجود دارد بر روی رنا سبب تولید ساختار سنجاق سر می‌شود؛ همچنین بعد از آن توالی Uوجود دارد که سبب تضعیف اتصال رنای تولیدی به دنا می‌شود و رونویسی پایان می‌یابد.
- دو:مسیر وابسته به پروتئینRho: بر روی رنا جایگاهی به نام rut وجود دارد که پروتئین مذکور به آن متصل شده و با فر آیند خاص باعث جدا شدن رنا از دنا می‌شود.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ویرایش شده توسط: sepanta_7
ارسالها: 23330
#77
Posted: 28 May 2014 14:18
در هوهسته‌ها
هم آرايي دنا با رناپليمرازپیش
برنده‌های هوهسته‌ای شکل متفاوتی از پروکاریوت‌ها دارند. و دارای نواحی BREو TATAو INRوDCEوDPE می‌باشند. علاوه بر این‌ها نواحی تشدید کننده، عایق و فعال کننده نیز نقش مهمی را ایفا می‌کنند؛
در هوهسته‌ها فاکتورهای رونویسی بسیاری وجود دارد؛ که هریک با وظیفه‌ای خاص و در مرحله‌ای خاص وارد عمل می‌شوند.
- ۱-شکل‌های مختلف پیش برنده‌های هوهسته‌ای:
- دارای عناصر پایه‌ای: در بسیاری از پیش برنده‌ها دیده می‌شوند و دارای جعبهٔ CAAT، جعبهٔ GC، جعبهٔ TATA، توالی Inrو یک توالی هشت تایی هستند.
- دارای عناصر پاسخی:در فرادست ژن‌ها دیده می‌شوند و آغازش رونویسی را در پاسخ به علایم عمومی خارج یاخته‌ای فراهم می‌کنند مثال:توالی CREکه به پروتئین CREB ودر هنگام وجود شوک حرارتی پاسخ می‌دهد.
- دارای توالی ویژهٔ یاخته‌ای: در پیش برنده‌های یاخته‌های خاص قرار دارند و سبب عملکرد و اختصاصی شدن آن بافت می‌شوند. مثال: توالی اریتروئید که محل اتصال فعال کنندهٔ GATA-۱ است و جایگاه kBکه در لنفوئید توسط NF-KBشناسایی می‌شود.
- دارای تنظیم کننده‌های تکاملی: این توالی‌ها در مسیر تکاملی موجودات نقش داردن مثال: توالی بیکوئید وتوالی آنتناپدیا که هر دو در مگس سرکه دیده می‌شوند.
- ۲-نقش و عملکرد فاکتورهای عمومی رونویسی:
- TBP:دارای یک زیر واحد _ اتصال به ناحیهٔ BRE
- TAFs: دارای زیر واحدهای زیاد که توافق لازم برای تعداد آن وجود ندارد._ ایجاد هم آرای پیش آغاز و داشتن هم سختی لازم برای هیستون‌ها و تنظیم اتصال TBP.
- TFIIB: دارای دو زیر واحد_ دارای اتصال نامتقارن به‌ها آرای تشکیل شده و نشان دادن سوی درست رونویسی به رنا پلی مراز
- TFIIF: دارای سه زیر واحد_ اتصال به زی مایه
- TFIIE: دارای دو زیر واحد_ تنظیم اتصال TFIIH
- TFIIH: دارای ۹ زیر واحد_ دارای فعالیت‌های هلیکازی و کینازی و ATPase
رناپلیمراز ۱ عهده دار رونویسی از ژن‌های rRNAو رناپلیمراز ۲ عهده دارmRNAو رنا پلیمراز ۳ نیز عهده دار رونویسی از tRNAاست.
عمل رناپلیمراز ۲ دارای ۳ مرحله‌است:
- آغازش: اتصال TFII Dبه ناحیهٔ BREو میانکنشTFIIF با زی مایه و میانکنش زی مایه با دنا و به دنبال آن آمدن فاکتورهای عمومی TFIIEوTFIIH به هم آرای ساخته شده. این میانکنش‌ها سبب بازشدن دو رشته دنا شده و آمدن سایر فاکتورها را به دنبال دارد. که باعث کنار رفتن هیستون‌ها می‌شوند. علاوه بر این فاکتورها، پروتئین‌های دیگری از جمله هم آرای میانجی و هم آراهای تغییر دهنده را می‌توان نام برد که در استیله کردن یا متیله کردن و تغییرات دیگر شیمیایی دیگر نقش دارند و باعث افزایش یا کاهش رونویسی در یک ناحیه می‌شوند.
- ادامه:این مرحله توسط فاکتورهای طویل شدن انجام می‌شود. این عوامل با فسفریله کردن دم کربوکسیل زی مایه، در عملکرد آن موثر اند؛ از جملهٔ این فاکتورها می‌توان به P_TEFbوS װTF اشاره کرد؛ عمل دیگر آن هادر ترمیم و از بین بردن اشکالات رنا سازی و هچنین بالابردن سرعت رونویسی در مکان‌هایی که این سرعت به علت وجود توالی خاص به شدت کاهش یافته می‌باشد. TAT_SF۱نیز توسطP_TEFb فراخوانده می‌شود و در طویل سازی نقش به سزایی دارد.آدنیله شدن انتهای رنا و کلاهک گذاری ابتدای رنا از فر آیندهای مهم در طویل سازی است.
- پایان:دو مسیر برای آن وجود دارد. در مسیر تور پدو، توالی پشت سر هم آدنین دار رنا به رناتجزیه گری پیام تجزیهٔ لازم را می‌دهد و رنای بعد از این توالی از بین می‌رود و زی مایه جدا می‌شود. در مسیر آلوستریک کار آیی زی مایه بعد از توالی پشت سر هم آدنین دار به شدت کاهش یافته و رنای ثانویه به وسیلهٔ رنای تجزیه گر از بین می‌رود.
مرحلهٔ آغازش و نحوهٔ قرارگيری فاكتورهای رونويسی
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ویرایش شده توسط: sepanta_7
ارسالها: 23330
#78
Posted: 28 May 2014 14:21
سامان دهنده همسو
ساماندهندهٔ همسو به بخشی از دی‌ان‌آ یا آران‌ای گفته می‌شود که کارش تنظیم بیان ژنی است که بر روی همان مولکول دی‌ان‌آ جای دارد، یک ساماندهندهٔ همسو هم می‌تواند در بالادست (روی بخش برانگیزنده یا بالاتر) چیدمان رمز ژنی باشد که ساماندهی‌اش می‌کند، جای داشته باشد، هم می‌تواند در پایین‌دست آن باشد، و هم می‌تواند در یکی از دو بخش رمزخوانی‌نشده باشد.
ساماندهی بیان ژن
ساماندهی بیان ژن یا ساماندهی ژن به فرآیندهایی می‌گویند که در یاخته‌ها برای ساماندهی روند پیدایش فرآورده‌های ژن‌ها، به کار برده می‌شوند. با اینکه آران‌ای هم می‌تواند فرآوردهٔ یک ژن ساختاری باشد، ولی بیشتر فرآیندهای شناخته‌شده در ساماندهی بیان ژن، مربوط به چگونگی ساماندهی ژن‌هایی بوده است که به پیدایش پروتئین‌ها می‌انجامند.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ویرایش شده توسط: sepanta_7
ارسالها: 23330
#79
Posted: 28 May 2014 14:26
ساماندهی ناهمسو
ساماندهندهی ناهمسو هنگامی رخ می‌دهد که تنظیم بیان ژن بر روی یک دی‌ان‌آ یا آران‌ای، از روی مولکول دیگری جدا از آنها انجام پذیرد،
به بخشی که این ساماندهی را انجام می‌دهد، ساماندهندهٔ ناهمسو می‌گویند. ساماندهندهٔ ناهمسو، توالی دی‌ان‌ایی است که دارای رمزی می‌باشد که سرانجام پروتئینی را پدید می‌آورد که ساماندهی ژن دیگری را بر روی مولکول دی‌ان‌ایی دیگر انجام می‌دهد.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
ارسالها: 23330
#80
Posted: 28 May 2014 14:28
سمت و سو(در زیست شناسی مولکولی و زیست شیمی)
سمت و سو در زیست شناسی مولکولی و زیست شیمی به جهت‌گیری دو سر یک رشته از اسید نوکلئیک بر می‌گردد. در آیین نامگذاری ترکیبهای شیمیایی، اتمهای کربن در حلقهٔ شکری نوکلئوتید شماره‌گذاری شده‌اند. هر رشتهٔ دی‌ان‌ای یا آران‌ای دارای یک پایانهٔ '۵ و یک پایانهٔ '۳ می‌باشد که این دو از روی جایگاه کربن بر روی حلقهٔ دی اکسی ریبوز و یا ریبوز آنها نامگذاری شده‌اند. موقعیت‌های بالادست و پایین‌دست در دی‌ان‌ای و آران‌ای هم بر اساس همین سمت و سو تعیین می‌شوند.
این کاربر به دلیل توهین به مدیریت بن شد.
صفحه 8 از 16